Es en el año de 1830 cuando el colegio se ve obligado a cerrar sus puertas debido a diversas circunstancias, como es el caso de la muerte de Don José Ildefonso Díaz de León el 29 de julio de 1828, los trastornos administrativos consiguientes, las graves revueltas y cuartelazos continuos que se presentaban en el orden político –particulares de la época–, así como la inseguridad de la planta docente –al faltar su benefactor–
Así, para el año de 1849 el gobernador constitucional de aquel entonces, Julián de los Reyes, basado en supuestas sospechas –al creer que sus principales enemigos políticos se encontraban desempeñando cargos, o bien, ocupando cátedras en el Colegio–; para tratar de defenderse de ellos, decide realizar dos acciones que cambiarían con el derrotero de la educación en la historia de San Luis Potosí: Primera, creando una escuela para profesores -dotándola de una planta docente que le era totalmente incondicional- misma que denomina Escuela Normal y que es inaugurada el 4 de marzo de 1849 designando como primer director al Profesor Pedro Vallejo; y como segunda acción, entregar formalmente el Colegio Guadalupano Josefino al obispado de Michoacán.
Luego entonces para el año de 1854, el 31 de agosto se crea la diócesis de San Luis Potosí misma que materialmente se establece en mayo de 1855 -motivo de la atomización de las provincias obispales del Estado de México, Michoacán y Jalisco-, de tal suerte que en lugar de entregar al obispado de Michoacán, –tal y como lo había decretado el gobernador Julián de los Reyes–; se le encomendó al primer obispo de la Diócesis potosina, Pedro Barajas y Moreno quien ordenó la reanudación de las clases en el mismo edificio que habían ocupado los jesuitas y posteriormente el Guadalupano Josefino, mas ahora con el nombre de Seminario Conciliar Guadalupano Josefino.
